台灣電音三太子表演的起源眾說紛紜，目前較為普遍的說法主要可分為兩大來源。其一，相傳源自雲林北港地區，當地電音三太子團隊的負責人，為了吸引孩童與年輕族群的目光，最初選用兒歌作為三太子表演的背景音樂，讓神偶隨著音樂節奏舞動，逐漸發展出結合電子音樂的表演形式。

其二，則相傳起源於嘉義朴子。在嘉義朴子太子會中，一位熱愛自由風格（Freestyle）舞蹈的大專生，於無意間扛起重約二十五公斤的三太子神偶頭部服飾，隨著電音音樂即興舞動，意外開創出電音三太子的表演樣貌，並在廟會活動中逐漸受到矚目。

事實上，在「電音三太子」一詞尚未正式出現之前，台灣民間廟會中的三太子表演早已展現高度的創新與多元風格。當時的三太子常以配戴太陽眼鏡、吸奶嘴、手持玩具槍等現代化造型登場，並嘗試以滑板、直排輪或騎乘機車的方式出場演出，成功拉近與民眾之間的距離。

此外，許多民間太子團也開始嘗試搭配童謠、流行歌曲及熱門音樂進行表演。雖然當時尚未出現「電音三太子」的正式名稱，但在表演形式上，已具備電音三太子的雛形。